木托盤在使用中會存在一些問題：
運用的方法會落后，不能很好的發揮木托盤的優點。
木托盤是為合作物流的一種物流工具，木托盤就是貫穿現代物流以及各個環節之間的鏈接點，但是在實際的運用過程中由于規范不一樣，就會形成托盤不能在物流工作中得到很好的運用，就會產生局限性。
受到木托盤用法的制約，流轉進程的本錢過高，很多企業的木托盤都是在企業內部進行周轉的，然后將企業的產物進行人工轉移裝卸，這樣會很大程度的降低工作效率，增加流轉的本錢，也降低了競爭力。
木托盤使用規范不一致。導致我國的木托盤運用不能和國際上運用的通用的集裝箱相匹配。企業為了嫩該習慣關聯的國際運送工作，就向木托盤企業定制規范不一致的木托盤，這樣可以就愛那個第企業的本錢。